Jan Plottke ochrzczony został w parafii pw. św. Andrzeja Boboli w Rokitach, tam też w roku 1982 otrzymał sakrament bierzmowania. W rodzinnej parafii od dzieciństwa posługiwał jako ministrant.

Edukację rozpoczął w Szkole Podstawowej w Rokitach. W roku 1982 kontynuował naukę w Niższym Seminarium Duchownym w Płocku, realizując program liceum ogólnokształcącego. W maju 1986 roku pomyślnie zdał egzaminy maturalne, po czym złożył dokumenty z prośbą o przyjęcie do Gdańskiego Seminarium Duchownego. W opinii przełożonych Niższego Seminarium Duchownego Jan osiągał dobre wyniki w nauce "dzięki wyjątkowej pilności i pracowitości". W opinii tej napisano, że "skupiony i dociekliwy, chętnie korzystający z pomocy nauczycieli, potrafił złożyć egzamin dojrzałości lepiej, niż zdolniejsi od niego uczniowie."

Formację do kapłaństwa w Gdańskim Seminarium Duchownym Jan Plottke odbywał w latach 1986-1992. Święcenia diakonatu przyjął 16 czerwca 1991 roku, zaś święcenia prezbiteratu 23 maja 1992 roku. Szafarzem obu święceń był arcybiskup Tadeusz Gocłowski, ówczesny metropolita gdański.

Po święceniach pracował jako wikariusz w następujących placówkach duszpasterskich: w parafii pw. Św. Jana Chrzciciela w Gdyni-Chyloni (1992–1996), w parafii pw. Chrystusa Króla w Wejherowie (1996–2004). Dnia 1 sierpnia 2004 roku został ustanowiony proboszczem parafii pw. Św. Michała Archanioła w Starzynie (1983), gdzie gorliwie pełnił posługę kapłańską przez prawie 20 lat.

Ks. Jan pełnił także różne funkcje i zadania zlecone mu przez biskupa dla dobra społeczności diecezjalnej: był archidiecezjalnym duszpasterzem rolników (2007–2014), wizytatorem nauki religii, członkiem Rady Kapłańskiej Archidiecezji Gdańskiej oraz wicedziekanem dekanatu Żarnowiec. Szczególnie wytrwała była też posługa księdza Jana jako ojca duchownego w czasie pieszych pielgrzymek kaszubskich na Jasną Górę. 

Gorliwa praca i zaangażowanie pasterskie ks. Jana Plottkego zostały docenione poprzez uhonorowanie go w dniu 12 grudnia 2009 roku, tytułem kanonika honorowego Kapituły Kolegiackiej w Gdyni.

Ksiądz kanonik mgr Jan Plottke zmarł w szpitalu w Pucku 14 marca 2024 roku w godzinach wieczornych, w 56. roku życia i 32. roku kapłaństwa, po trwającej od kilku lat chorobie. Z pokorą dźwigał krzyż choroby i cierpienia.

 W pamięci wiernych pozostaje zatroskanym o duchowe dobro parafii duszpasterzem, człowiekiem skromnym, pokornym, zawsze chętnym do pomocy, dostrzegającym problemy i cierpienia innych ludzi.